培養基中的碳、氮比例很重要。若培養基中碳源供應不足時，易引起菌種的過早衰老和自溶；若氮源過多或過少，則會引起菌絲過于旺盛生長或生長緩慢，對菌種培養不利。菌種培養基中的pH值也是影響菌絲生長的重要因素。一般培養基經高壓滅菌后會使pH值有所下降，必須經檢驗后加以調整。調節pH值時，可用石灰澄清液，也可用氫氧化鈉或鹽酸。在配制培養基時，為了避免沉淀物的生成而造成營養物的損失，應掌握加入各種營養物的順序。一般應先加入緩沖化合物，溶解后加入主要元素，然后是微量元素，zui后加入維生素等，是前一種營養成份溶解后再加入第二種營養成份。此外，培養基加入糖類時，應采用適當的滅菌方法，因葡萄糖在高壓下易被破壞，多糖和雙糖也因高溫易被水解和變質。
培養基菌種的選擇和鑒定方法討論：
1．待鑒定的培養基菌種一定是純種
如果菌種不純，所觀察到的現象則是混合現象，這樣自然不會得到正確的結果。因此在鑒定之前，首先要將菌種純化。純化方法，一般有2種：平板劃線單菌落分離法和單細胞分離法。前一種操作簡便，效果良好，適用范圍廣。
2．選一本比較好的培養基鑒定手冊
鑒定時以此手冊為標準，開展鑒定工作。根據多數人的經驗，我們認為在細菌鑒定方面，使用《伯杰氏鑒定細菌學手冊》一書較為合適。在具體鑒定時，可參看*微生物研究所細菌分類組編著的《一般細菌常用鑒定方法》一書。在放線菌鑒定方面，可以參看中科院微生物研究所編著的《鏈霉菌鑒定手冊》（1975年）一書。真菌的鑒定可參看中科院微生物研究所編著的《常見與常用真菌》（1973年）一書。荷蘭羅德的《酵母的分類研究》（1970年）一書，對酵母菌的分類有很大的實用價值。
3．要有合適的培養基鑒定方法
微生物種類繁多，特征各異，性狀有主次之分。因此，在鑒定某種微生物時，要選用合適的鑒定方法，確定主要的測試項目。例如，鑒定的微生物若是霉菌，則菌落形態觀察十分重要；若是酵母菌，有性繁殖的方式、特征以及生理生化特征中的糖的發酵和同化，硝酸鹽的同化就是主要指標。
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